在看到上海投資環境獨特優勢的同時，也應看到存在的問題，例如，如何進一步地加強上海城市的建設，改善交通，進一步降低上海的商務成本等。
1、城市建設問題。上海的城市建設在改善上海投資環境中起到了至關重要的作用。目前，上海在交通、空氣、服務和水源等多方面還需要大幅改進。以交通為例，上海現在的停車場要降低收費標準，在市中心要發展高速的公交優先車道，私家車鼓勵停在遠離市中心的停車場。優先發展軌道交通，鼓勵市民公交出行。
2、高端人才欠缺。改善投資環境，人才先行，人才問題是投資環境中的一個重要內容。而作為長三角龍頭的上海在人才方面無疑具有明顯優勢。資料顯示，長三角地區普通高校數量是珠三角的4倍、京津地區的1．5倍，在校大學生分別是它們的1．6倍和1．9倍，而專業技術人員則分別是它們的4．36倍和2．65倍。這也是跨國公司“總部經濟”在上海得到迅速發展的一個重要原因。儘管如此，上海的高端人才還是不夠。上海緊缺高端金融人才、會計師、律師、遊戲網路的設計人員和各種高檔的創意人員等。所以，大力吸引和培養各類高端人才，可以為上海吸
引更多的投資。
3、資源問題。上海是資源相對缺乏的城市，因此，上海更應該在資源節約上做更多的努力。上海已經通過建立資源節約性城市的相關檔。並鼓勵企業發展高科技節能產品，進行全民教育並通過期貨市場實施調控資源買賣的價格。上海已經在城市發展的經濟指標中特別提出了一個能耗指標。同時，上海已經把土地資源的節約問題放到了非常重要的位置來考慮和籌畫。因為這是上海發展繞不過去的瓶頸，資源節約問題和環保問題一樣，都是中國今後一直要注意的問題。上海的發展不能不考慮到資源的節約和環境的保護。
4、商務成本問題。商務成本的上升，會使外來投資望而生畏，促使資金的外流，引起經濟的衰退。定位於現代化國際大都市的上海，就必須密切關注上海商務成本的動態變化。儘管目前上海開展商務活動的空間還相當廣闊，但上海商務成本的逐年上升，並開始對未來上海的經濟發展亡生制約，卻是無法忽視的事實。上海商務成本的上升從以下三個方面可見一斑：
(1)寫字樓地價迅速上升。上海甲級寫字樓的價格近幾年來的平均年租金每年都上升l 5％。浦東小陸家嘴地區寫字樓的價格飛漲，浦西南京西路、淮海中路沿線甲級寫字樓出租率近100％。2006年以來，小陸家嘴區域平均租金達到了0.88美元／平方米／天，位於陸家嘴的匯亞大廈租金報價超過1.50美元／平方米／天。
(2)勞動力價格居高不下。根據中華英才網2001年的各個城市薪金調查。中國內地城市中的平均薪金水準最高的為深圳，達51279元，上海的平均年薪金已達49416元。
(3)城市生活費用的昂貴。跨國人力資源顧問公司Hercer公司於2002年7月8日公佈的世界主要城市生活費用調查顯示，上海的生活指數已經名列全球第五，列於香港、莫斯科、東京、北京之後。
商務成本上升對上海經濟發展的消極影響是顯而易見的。上海在尋求新的增長方式的同時，要保持持續高速發展的動力，以降低成本來推動經濟發展是必然的選擇。投資資本從趨利的本性出發在全球流動和轉移，轉移過程中需要一個商務發達、成本相對較低的大城市作為載體。所以，控制上海的房價和租金，控制勞動力成本和生活費用，努力降低商務成本，只有這樣才能改善上海的投資環境，吸引更多的海內外資金來上海投資。